Jedną z ciekawszych opcji konsoli do gier od Sony była możliwość instalacji dowolnego alternatywnego systemu operacyjnego, obok tego dostarczanego przez firmę. Sony, zapewne pod naciskiem dostawców treści wideo, zdecydowało się zabrać swoim klientom tę opcję.

Dyrektor Sony, Patrick Seybold tłumaczy, że usunięcie możliwości instalowania dodatkowego systemu podyktowane jest „kwestiami bezpieczeństwa”. Podobnie jednak jak w przypadku technologii TPM nie chodzi tu o bezpieczeństwo użytkowników, lecz dostawców treści, którzy boją się, że filmy ściągnięte na PlayStation 3 łatwo trafią w obieg sieci Peer 2 Peer za pomocą piratów instalujących Linuksa na swoich konsolach.

Aktualizacja oprogramowania do wersji 3.21 nastąpić ma 1 kwietnia 2010 roku i zawierać będzie tylko „bugfix” usuwający możliwość instalacji dodatkowego systemu.

W sierpniu 2009 roku Sony uniemożliwił instalację Linuksa na konsoli PS3 Slim.