Kilka miesięcy po wydaniu wersji 6.0 Sun Microsystems wydał kolejną edycję zintegrowanego środowiska programistycznego NetBeans. Oznaczono ją numerem 6.1. Wprowadzono raczej niewielkie, choć i tak istotne poprawki – usunięto szereg błędów, wprowadzono kilka usprawnień.

Interfejs nowej wersji NetBeans działa znacznie szybciej od edycji 6.0. Praca nad kodem jest sprawniejsza. Początkowo robi to duże wrażenie, ale kiedy użytkownik się przyzwyczai, efekt zanika. Inaczej jest z rozbudowanym wsparciem dla JavaScriptu i Ruby – to coś, o czym trudno zapomnieć.

Wersja 6.1 to także lepsza współpraca z innymi narzędziami (Mercurial, Spring, Hibernate). W przypadku tych dwóch ostatnich pojawiły się nawet kreatory plików konfiguracyjnych wraz z opcją automatycznego uzupełniania kodu. Rozbudowano także wsparcie dla MySQL.